Кафедра высокопроизводительных вычислительных технологий и систем (ВВТиС) была создана 21 мая 2001 г. по решению Ученого Совета УГАТУ для организации подготовки и переподготовки специалистов в области высокопроизводительных вычислительных технологий и систем. Возглавил молодую кафедру профессор кафедры математики, доктор физико-математических наук Рафаил Кавыевич Газизов.

В решении Ученого Совета университета были обозначены следующие основные направления деятельности новой кафедры:

• организация обучения студентов, магистрантов, аспирантов, научных работников и преподавателей работе на высокопроизводительных вычислительных комплексах;
• выполнение научно-исследовательских работ с применением высокопроизводительной вычислительной техники;
• координация деятельности вуза по всем направлениям, связанным с высокопроизводительными вычислительными технологиями.

Образованию кафедры предшествовало создание на базе УГАТУ в рамках ФЦП "Интеграция" Башкирского регионального центра высокопроизводительных вычислений, учредителями которого, наряду с УГАТУ, выступили ведущие научно-исследовательские институты региона – Институт Механики УНЦ РАН, Институт математики с вычислительным центром РАН, Институт органической химии УНЦ РАН и Институт проблем сверхпластичности материалов РАН. Первоначально  центр был оснащен двумя высокопроизводительными вычислительными системами: 12-процессорным кластером на базе процессоров Alpha21164 и 10-процессорным кластером на базе процессоров Intel Pentium III – 500, в 2001 г. в рамках той же программы силами специалистов УГАТУ был собран более производительный 64 –процессорный кластер на базе процессоров Intel Pentium III – 1000, а в 2007 году в рамках Инновационной образовательной программы был приобретен суперкомпьютер, построенный на базе 532 четырехядерных процессоров Intel Xeon 5300. Эти высокопроизводительные вычислительные системы составили материально-техническую основу для функционирования и развития кафедры ВВТиС.

Первоначально (начало 2002 г.) кадровый состав кафедры ВВТиС составляли четыре штатных преподавателя – зав. кафедрой, профессор Р.К. Газизов, доценты О.В. Емченко и С.Ю. Лукащук, ассистент Ю.Ю. Багдерина, пять преподавателей-совместитетелей – профессора Р.М. Асадуллин, И.И. Голичев, М.Д. Рамазанов, доцент Л.Ю. Уразаева, старший преподаватель Р.В. Водопьянов и один ведущий инженер-программист М.Б. Малышева. В дальнейшем кадровый состав кафедры неуклонно расширялся и в настоящее время профессорско-преподавательский состав включает более 20 человек. За годы существования кафедры ВВТиС на ней преподавали профессора Н.Х. Ибрагимов, В.П. Житников, доценты Р.А. Хисамутдинов, Э.Ш. Насибуллаева, И.Ш. Насибуллаев, С.Д. Тулебаев, Глушкова Л.М., Е.В. Силова, старшие преподаватели Д.В. Водопьянов, А.Р. Мухтаров, А.М. Валиуллин,  К.В. Мавродиев. Важно отметить, что кафедра всегда привлекала на условиях совместительства ведущих специалистов научно-исследовательских институтов РАН. В настоящее время на кафедре работают сотрудники Института механики им. Р.Р. Мавлютова УФИЦ РАН - профессор С.Ф. Урманчеев, доценты М.Н. Галимзянов и К.И. Михайленко.

Учебная деятельность сотрудников кафедры весьма обширна и многообразна, она включает такие направления, как архитектура классических и высокопроизводительных вычислительных систем, системное и прикладное программное обеспечение, численные методы и алгоритмы высокопроизводительных вычислений, математическое моделирование. При этом основной концепцией обучения является широкое использование высокопроизводительных вычислительных систем в учебной и научно-практической деятельности. Кафедра является выпускающей по направлениям подготовки бакалавров "Прикладная математика" и "Математика и компьютерные науки".
Сотрудники кафедры ВВТиС ведут активную научно-исследовательскую работу в области математического и компьютерного моделирование процессов и систем, исследования взаимосвязи численных алгоритмов и архитектур высокопроизводительных вычислительных систем, группового анализа дифференциальных и интегро-дифференциальных уравнений.     
Сотрудники кафедры ВВТиС принимали участие в большинстве крупных проектов университета, выполнявшихся в рамках федеральных программ:

• Федеральная целевая программа “Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки”, проект “Создание Башкирского регионального центра высокопроизводительных вычислений”, 2001 г. (контракт № В0016, руководитель – ректор УГАТУ С.Т. Кусимов).
• Федеральная целевая программа “Интеграция науки и высшего образования России на 2002-2006 годы”, проект “Научно-методическое и научное обеспечение подготовки кадров в Башкирском региональном центре высокопроизводительных вычислений”, 2002-2004 гг. (контракт №У0011/735, руководитель – ректор УГАТУ С.Т. Кусимов).
• Приоритетный национальный проект "Образование", программа: "Инновационная образовательная программа подготовки кадров в области информационных технологий проектирования, производства и эксплуатации сложных технических объектов", тематическое направление "Компьютерное моделирование с применением суперкомпьютерных технологий", 2007-2008 гг. (руководитель программы – ректор УГАТУ Гузаиров М.Б., руководитель направления – профессор Р.К. Газизов).
• Проект кооперации ОАО «УМПО» и ГОУ ВПО «УГАТУ» в рамках постановления № 218 Российской Федерации «О мерах государственной поддержки высших учебных заведений и производственных предприятий», проект 2010-218-01-133 "Создание технологий и промышленного производства узлов и лопаток ГТД с облегченными высокопрочными конструкциями для авиационных двигателей новых поколений", направление (раздел) "Моделирование", 2010-2012 гг. (руководитель проекта от УГАТУ – ректор УГАТУ М.Б. Гузаиров, руководитель направления – профессор Р.К. Газизов).
• Выполнение работ по Государственному контракту № П1609: "Проведение поисковых научно-исследовательских работ в области технических наук" от 10 сентября 2009 по направлению "Технические науки" в рамках мероприятия 1.4 "Развитие внутрироссийской мобильности научных и научно-педагогических кадров путем выполнения научных исследований молодыми учеными и преподавателями в научно-образовательных центрах", направления 1 "Стимулирование закрепления молодежи в сфере науки, образования и высоких технологий" федеральной целевой программы "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009-2013 годы. (2009 г., руководитель проекта - И.А. Кривошеев, руководитель направления - Р.К. Газизов).
• Мегагрант Правительства Российской Федерации в рамках Постановления № 220 "О мерах по привлечению ведущих ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования", договор № 11.G34.31.0042 от 21.10.2011 между Министерством образования и науки РФ, ФГБОУ ВПО "УГАТУ" и ведущим ученым – профессором Н.Х. Ибрагимовым,  направление "Математическое моделирование и групповой анализ дифференциальных уравнений", 2011-2015 гг. (руководитель - ведущий ученый Н.Х. Ибрагимов).

Кафедра ВВТиС тесно сотрудничает с научно-исследовательскими и образовательными учреждениями, занимающимися вопросами создания и развития высокопроизводительных вычислительных технологий:

• Институт прикладной математики им. М.В. Келдыша;
• Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова;
• Институт механики УНЦ РАН;
• Институт математики с вычислительным центром УНЦ РАН.

Крепкое сотрудничество кафедра имеет с  коммерческими организациями:

• ОАО «РН-БашНИПИнефть» (научное подразделение ОАО «НК Роснефть»);
• фирма «ЭкоСофт»;
• ОАО «БАНК УРАЛСИБ».